S’installer – ou exercer – en cabinet de médecine générale, c’est bien plus que poser son nom sur une plaque. À la croisée des soins et de la gestion, les médecins généralistes libéraux se retrouvent face à des obligations comptables précises, parfois complexes, toujours évolutives. Comprendre ce cadre ne relève pas seulement du respect de la loi : il s’agit avant tout de garantir la pérennité financière du cabinet, la lisibilité de son activité, et, in fine, la qualité du service rendu aux patients.
En France, plus de 95% des généralistes exercent à titre libéral (source : Drees, 2023). Leur activité, à la jonction entre santé publique et entreprise individuelle, nécessite une organisation administrative minutieuse dès l’installation et au fil des évolutions de carrière.
L’exercice en cabinet de médecine générale est régi, sur le plan fiscal et comptable, par le régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC), comme la majorité des professions libérales. Cette classification impose un certain nombre de règles en matière de gestion, de tenue de documents, de fiscalité et de relation avec l’Administration.
Chaque changement de statut (rejoindre une SCM, passer en société d’exercice, collaborer...) peut faire évoluer ces obligations : la veille réglementaire est indispensable.
Un cabinet médical individuel peut opter pour l’un des deux principaux régimes fiscaux :
Un choix capital : il impacte la quantité de travail administratif, la précision de l’analyse de la situation, la capacité à déduire certaines charges ou à préparer un projet (investissement, embauche, association).
| Critères | Micro-BNC | Déclaration contrôlée (2035) |
|---|---|---|
| Seuil de recettes | Jusqu’à 77 700 € | Au-delà de 77 700 € ou sur option |
| Tenue comptable | Livre des recettes | Livres recettes & dépenses, registre des immobilisations et amortissements |
| Déductions des charges | Forfait de 34% | Charges réelles déductibles |
| Déclaration fiscale | Annexe au revenu | Formulaire 2035 + annexes |
| Adhésion à une AGA | Non obligatoire | Conseillée (majoration du bénéfice imposable sinon) |
Les mentions obligatoires sur tous ces documents sont énoncées par l’Ordre et l’administration fiscale : attention à ne pas omettre un détail, sous peine de redressement possible.
Les cabinets utilisent le plus souvent un logiciel de gestion médicale couplé à un logiciel comptable, ou font appel à un expert-comptable – dont les honoraires sont, rappelons-le, déductibles fiscalement.
Déduire ce qui doit l’être, sans sortir du cadre légal : une gymnastique parfois subtile. La nature des charges déductibles pour un médecin correspond aux éléments strictement nécessaires à l’activité, mais le fisc peut se montrer attentif à certaines rubriques.
En revanche, les dépenses d’ordre personnel, même en rapport indirect avec l’exercice, ne sont jamais déductibles : vêtements hors blouses, smartphone si usage mixte non justifié, voyages privés, etc. (Source : service-public.fr)
L’adhésion à une Association de Gestion Agréée (AGA) est fortement recommandée aux médecins au régime de la déclaration contrôlée. Pourquoi ? En l’absence d’AGA, l’administration fiscale majore automatiquement le bénéfice imposable de 15% : un coût non négligeable pour la très grande majorité des généralistes, dont le bénéfice moyen annuel se situe autour de 74 000 € (Drees, 2022).
L’AGA offre aussi un accompagnement en matière de vérification comptable, des conseils de prévention, et la réalisation d’un compte-rendu de mission dédouanant en partie le médecin en cas de contrôle.
Un médecin employeur (secrétaire, assistant médical, remplacement salarié…) doit gérer :
L’absence de conformité peut entraîner sanctions et redressement lors d’un contrôle (Inspection du travail, URSSAF, fiscalité).
L’entrée en collaboration ou en société (SCM, SEL, SCP…) modifie les règles comptables :
Il est essentiel d’anticiper toute évolution d’organisation pour se prémunir d’un éventuel défaut de conformité ou d’une mauvaise répartition des charges sociales et fiscales.
Plusieurs acteurs peuvent intervenir :
Une comptabilité irréprochable, correctement tenue et justifiée, reste le meilleur bouclier face aux risques de redressement.
D’après une enquête menée par le Conseil de l’Ordre (2023), près de 25 % des redressements fiscaux suite à un contrôle chez un médecin généraliste sont liés à des erreurs sur les notes de frais ou l’absence de justificatifs. Ces risques, pourtant évitables, peuvent peser lourd sur la rentabilité du cabinet et la tranquillité d’exercice.
Les obligations comptables d’un cabinet de médecine générale ne se limitent pas à une formalité administrative. Elles tracent en creux le sérieux de la pratique, la confiance du patient, la capacité à mener des projets collectifs, à résister aux déséquilibres économiques ou aux imprévus. Mieux maîtriser la gestion, c’est aussi résister à la tentation du repli, à l’isolement, et au découragement qui guette trop de confrères face à l’accumulation des tâches non-soignantes – un sujet qui revient régulièrement dans nos discussions sur le terrain.
Connaître et appliquer les règles comptables, c’est également pouvoir mieux dialoguer avec ses partenaires (banques, collectivités, ARS), accéder à des dispositifs de soutien, ou faciliter la transmission de son activité. Ce n’est donc pas une charge, mais une opportunité à ne pas négliger pour renforcer la solidité et l’attractivité de la médecine générale.
Pour aller plus loin, des ressources existent :